El 1933, de la mà de l’Ajuntament de Banyoles, amb la col·laboració de diverses persones de la ciutat interessades en conservar el patrimoni cultural de la pròpia comarca, es va crear una Junta de Museus municipal, que s’havia d’encarregar del Museu Arqueològic. Aquesta Junta, des de l’any 1933, va ser la responsable de la seva gestió, juntament amb la del Museu Darder, que ja existia des de l’any 1916.

Després de la Guerra Civil, el 24 d’octubre de 1943, s’inaugura oficialment el 'Museo Arqueológico de Bañolas y Comarca' a la Pia Almoina. El Museu estava integrat per objectes procedents d’excavacions de Serinyà, Usall, Porqueres i Vilauba i de donatius i dipòsits de particulars. El Museu pren un nou impuls, ara de la mà del Centre d’Estudis Comarcals de Banyoles (CECB), constituït el 22 de novembre de 1943, que el promou i forma sempre sota el patrocini i l’empara de l’Ajuntament de Banyoles.

Durant el primers anys, entre 1943-1948, el MACB constava d’una sola sala al primer pis de la Pia Almoina, davant de l’actual sala Josep M. Corominas, on s’exhibien alguns materials prehistòrics de les coves de Serinyà, peces ibèriques del Mas Castell de Porqueres i romanes de Vilauba, a més d’elements medievals de la ciutat. 

La darrera reforma museogràfica va començar l’any 2000 i, en diverses etapes, s’ha allargat fins al 2009. Aquesta remodelació ha servit per millorar la presentació de totes les sales, a la vegada que es canviaven alguns continguts a la sales de Paleontologia, Prehistòria i sobretot a la d’Història, que ara incorpora elements de la història medieval-moderna de Banyoles i comarca, tal com preveu l’actual projecte museològic de 2006.