Chihiro és una nena de deu anys que viatja en cotxe amb els seus pares. Després de creuar un túnel, arriben a un món fantàstic, on no hi ha lloc per als éssers humans, només per als déus de primera i segona classe. Quan descobreix que els seus pares han estat convertits en porcs, Chihiro se sent molt sola i assustada.

Enginyers de tot el món es reuneixen a l'illa Hachijo-jima per a l'operació del Pacific Buoy, un nou sistema que connecta els sistemes de càmeres policials de tot el món i permet el reconeixement facial. 

Mentrestant, en Conan i la seva colla visiten la mateixa illa per a veure les balenes. De sobte, reben una trucada telefònica de Subaru, un estudiant i agent del FBI, qui els informa de l'assassinat d'un empleat de l'Europol a Alemanya.