Els Aiguamolls de l'Empordà són una de les principals zones humides de Catalunya, juntament amb els deltes de l'Ebre i el Llobregat. Es troben ubicats a la plana empordanesa, entre les desembocadures dels rius Fluvià i Muga, en un espai caracteritzat pels cursos fluvials actuals, les antigues desembocadures dels rius, i els sistemes de canalització i rec dels conreus que històricament s'han donat en aquest lloc ric en aigua dolça.