Peralada està situada al bell mig de l'Alt Empordà, envoltada dels cursos fluvials dels rius Llobregat d'Empordà i Orlina, que l'encerclen pel sud-est i per l'est, on més tard conflueixen en el riu Muga.

El municipi comprèn, a més de la vila de Peralada, el poble de Vilanova de la Muga i molts veïnats, alguns de molt antics. Els veïnats que formen part de Peralada són Sant Bernat i el Mas del Sepulcre, Les Olives (Peralada), l'Estanyol, Montmajor i la Garriga, Sant Joan Sescloses i Vallgornera.