Sonic, Knuckles i Tails es reuneixen per a enfrontar-se a un nou i poderós adversari, Shadow, un misteriós vilà els poders del qual no s'assemblen a res del que els nostres herois han conegut fins ara. Amb les seves facultats superades en tots els sentits, l'Equip Sonic haurà d'establir una insòlita aliança amb l'esperança d'aturar a Shadow i protegir el planeta.

Seqüela dels esdeveniments narrats a 'Sonic 2', basada en el reeixit videojoc.